癌症治療過程中最害怕但也不算少見的問題，就是出現治療抗藥性，無論是標靶治療、免疫治療還是化學治療，抗藥性會導致患者癌症抗癌戰役失敗的主要原因之一，因此腫瘤基因檢測對於探索抗藥性機制，進而指導下一步治療是癌症治療不可少的一部分。

一項關於BRAF突變癌症臨床後天性抗藥機制的分析，研究結果顯示，KRAS突變、NRAS基因擴增、其他BRAF突變、MEK1突變、PIK3CA突變、PTEN突變、CCND1擴增和MET擴增是後天性抗藥機制中最為常見，而且癌症類型和切片採樣部位對上述改變並無影響，根據這些改變要進一步思考相對應的有效治療。

腫瘤基因檢測探索抗藥機制中的抗藥基因如何相互作用，可以更好思考下一步治療方向，以把握治療反應。越來越多研究顯示，腫瘤生物學行為是由多個基因改變後相互與共同作用所致，而非單個基因變異作用的結果，因此全方位基因檢測可以探索基因改變之間的相互作用，對理解腫瘤生物學行為及後天性抗藥機制具有重要意義，對指導治療、預測療效有重要價值。

NTRK1/2/3 和ROS1融合陽性癌症的基因組改變特徵的研究，該研究目的在探索NTRK和ROS1融合的共存基因改變以及對entrectinib (ROZLYTREK)治療反應的影響，結果顯示，NTRK和ROS1融合與其他驅動基因改變KRAS、APC和PIK3CA具有互相排斥性，ROS1融合與BRAF、PTEN 和FBXW7改變具有互相排斥性，NTRK則是與15個基因常常同時發生改變，包括IGF1R、CDKN2B和CDK4等，ROS1與SMARCD1、CDKN2A/B和SETD2改變常常同時發生，臨床上常見的作用靶點如EGFR、ERBB2、RET、ALK或MET改變頻度並無顯著變化，無論是否有NTRK和ROS1融合，TMB狀況是相似，而且研究還發現東亞人NTRK發生率略有增加，ROS1則在南亞和東亞族群發生率也是略有增加。

轉移性乳癌中PIK3CA基因的改變，會影響其他標誌物如BRCA1/2和TMB狀態的改變，而且在不同亞型乳癌中分佈並不一致。

原發病灶不明轉移癌（CUP）是一類高度異質性疾病，目前臨床標準化檢查尚無法正倔鑒定腫瘤起源，醫界對其獨特的生物學改變知之甚少。一項名為CUPISCO研究，希望在對比基因檢測指導下找尋其標靶治療、免疫治療和含鉑雙藥化療，來幫助原發病灶不明轉移癌患者的治療，這是原發病灶不明轉移癌治療的新近思維。腫瘤基因檢測對於探索了生物標誌物如PD-L1、gLOH等在原發病灶不明轉移癌中的表達，會進一步使部分原發病灶不明轉移癌患者獲益于個體化治療。

個體化的治療實現是需要藉由全方位基因檢測結果作為指導，然而目前臨床表現尚不盡如人意，各種原因眾多，其中之一是由於很多患者無法獲得充足的腫瘤組織標本進行檢測，從而痛失有效檢測進而選擇治療選擇的機會。血液檢測方法之基因檢測於是應運而生，而且是因為其方便、易行性而備受青睞，然而究竟其能否完全取代腫瘤組織之基因檢測，還需要充分的證實。BFAST研究發現，血檢篩查初次治療ALK陽性之肺癌的研究，結果首次證實，對於血液檢測方法之基因檢測證實存在ALK陽性的初次治療非小細胞肺癌患者，ALK抑制劑之標靶治療是有效，而且ALK陽性的檢出率與既往報導的結果一致。

而前瞻性第二期B-F1RST研究，則是評估血液的腫瘤突變負荷(bTMB)值可以預測免疫治療atezolizumab第一線治療非小細胞肺癌的有效性，同樣是利用血液檢體去檢測TMB是可以指導atezolizumab第一線免疫治療非小細胞肺癌，結果顯示血液高TMB值的患者免疫治療的客觀緩解率、無惡化生存（PFS）和總生存期（OS）均有明顯改善，再次證實血液檢體標本檢測TMB，相較於腫瘤組織檢體的方法，同樣具有很好的指導免疫治療作用。

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