目前正在探討異體造血幹細胞移植後免疫檢查點抑制劑的安全性。

一項28例接受ipilimumab治療的患者的研究中，21％的患者有免疫相關副作用，其中一例因結腸炎和肺炎引起的治療相關死亡。還報導了肝臟和胃腸道的移植物 - 宿主疾病（GVHD）。目前尚不清楚這是否是免疫相關不良事件或是GVHD風險增加的證據。

需要更多異體移植後進行抗PD-1或抗PD-L1治療的其他研究，特別是以抗PD-1藥物為基礎在血液癌症患者中有效的新證據下。

有慢性病毒性肝炎或人類免疫缺陷病毒（HIV）感染的患者，在大多數情況下也被排除在免疫治療的臨床試驗之外。

然而，一項關於nivolumab在肝細胞癌患者中的前瞻性研究表明，B型肝炎或C型肝炎患者的副作用與無病毒性肝炎患者的副作用，是極為相似。

關於HIV感染患者，使用免疫檢查點抑制劑的安全性目前知之甚少，但有幾例，報告顯示，這種治療可以安全地給予也患有HIV感染的黑色素瘤或非小細胞肺癌患者。

總體而言，慢性病毒感染患者的免疫檢查點抑制劑的治療似乎是安全的，但強調多學科團隊合作照護的重要性。