一些患者屬於免疫治療相關不良事件風險的高危險族群，例如有潛在性自體免疫疾病，器官或造血幹細胞移植，慢性病毒感染，器官功能障礙或高齡的患者。

由於大多數關於免疫治療相關不良事件的證據是來自前瞻性臨床試驗，但是一些患者群體，例如自體免疫性疾病的人群，通常並未納入臨床試驗，因此這些患者的免疫檢查點抑制劑的安全性並不太清楚。

儘管如此，回顧性研究表明，有潛在自體免疫性疾病的患者還是可以進行安全有效的治療。儘管這些患者的自體免疫疾病會短暫惡化和一般免疫相關副作用風險會有所增加，但這些事件通常不會是嚴重的毒性作用。

目前認為，潛在自體免疫性疾病患者如果患有危及生命的癌症，還是可以考慮接受免疫治療，應與適當的次專科醫生協商，對這種治療的利弊進行權衡。

固體器官移植受者的免疫治療安全性目前則是不確定的。與ipilimumab治療相比，抗PD-1或抗PD-L1治療衍生出的移植物排斥反應會更多。由於更多的患者接受抗PD-1或抗PD-L1治療，出現移植排斥被報導，可能不一定意味著抗PD-1或抗PD-L1藥物的排斥風險會更高於用ipilimumab。還需要考慮移植物排斥的後果。

腎移植排斥引起的腎功能衰竭，可能是可以通過血液透析進行治療; 但心臟移植排斥引起的心臟衰竭的治療，則可能更困難。當沒有其他類似有效的治療方案時，在該類患者中應該謹慎使用免疫治療，並應與移植專家密切合作進行監測。