臨床上，處理中性白血球減少性發熱的治療，應該考慮使用可以幫助縮短中性白血球減少時間之白血球生長激素 G-CSF（白血球生成激素可以使白血球的總數目增加）外，另外抗生素的使用也相當重要。

如果抗生素的使用時間不當容易造成患者病情變化難測，例如太早停止使用藥會導致再感染及死亡率提高；如使用過長時間可能會出現某些危險性，例如：藥物過敏反應、血液或腎臟功能傷害及電解質異常、易產生抗藥性菌株或發生超級感染。

決定抗生素使用之療程，主要在於患者本身中性白血球數目的多寡。由於，在臨床上有五成以上中性白血球減少可能找不出致病原。所以在決定適當停止使用抗生素時機必須考慮下列四點因素：

(1)抗生素本身藥物的毒性

(2)預期發生中性白血球減少時間之長短

(3)感染之嚴重度

(4)易造成感染危險因子。

目前對於中性白血球減少性發熱治療上的建議如下：

將發生中性白血球減少性發熱的患者分成高危險群及低危險群兩類，高危險群主要指其中性白血球數目<100 cell/mm3、腸胃道或口腔的黏膜發炎、病情較不穩定者；反之，則屬於低危險群，臨床病情較穩定者。一般經驗性抗生素先使用三天，然後以第三天作為評估時間，故可分為用藥三天後退燒或持續發燒之兩種狀況。

(1)假如用藥三天後退燒了，中性白血球數目超過500 cell/mm3而且沒有明確之感染源，即可在退燒後48小時停藥。

若沒有發燒但中性白血球數目小於500 cell/mm3之低危險群患者且無其他併發症，則可考慮於退燒後5~7天停藥。

假如為高危險群患者且無其他併發症時，需繼續治療至14天，再評估如無感染症狀出現即可停藥。

(2)假如用藥三天後仍持續發燒時，但是中性白血球數目超過500 cell/mm3，即可在4~5天後再重新評估。

反之，發燒且中性白血球數目小於500 cell/mm3，則使用 14天之抗生素後重新評估，若無其他部位感染時，則可停藥。

總之，決定抗生素使用之療程取決於患者用藥三天以後患是否仍然有發燒的情形，以及本身產生中性白血球減少之期間長短，不論是高危險群或低危險群之病患，當停止使用抗生素以後，仍然應該密切觀察患者，避免發生伺機性感染而延遲化學治療之時間，間接影響治療之效果，而危及病人之生命安全。