另外，檢測大腸直腸癌患者的血漿中循環游離DNA中已知的突變，也可以用於正在接受治療患者病情的監控，資料顯示大腸直腸癌患者的血漿中循環游離DNA水平與腫瘤體積/範圍，以及抗癌治療反應有明顯相關性，可以作為大腸直腸癌患者病情的影像監控的互補方法。

雖然循環游離DNA和它的變化在臨床上大腸直腸癌的應用前景看好，但有二件事情應該注意：

（1）良性情況，例如感染也可能導致循環游離DNA量的增高；

（2）除非檢測循環游離DNA的方法的特異性和敏感性都很好，否則必需謹慎評估循環游離DNA水平與治療反應間的關係。

循環游離DNA用於抗癌藥物抗藥性的監測部份，目前抗EGFR標靶治療在臨床上大腸直腸癌的抗藥機制主要有三類：

（1）損壞EGFR標靶治療與EGFR結合位點，由點突變S492R引起；

（2）活化下游激酶，繞過EGFR抑制；

（3）活化平行的旁路途徑，10%-15%患者有磷脂醯肌醇-4，5-二磷酸3-激酶酶促亞單位α外顯子20突變，18%患者有PTEN突變，二者皆會因此導致PI3K/AKT/mTOR訊息路徑的活化。

上述改變經常與其它EGFR標靶治療在臨床上大腸直腸癌的抗藥機制共同存在。與EGFR標靶治療在臨床上大腸直腸癌的抗藥可能有關的機制，還包括HER2基因擴增、IGF-1R活化以及MET擴增。