變異部分包括：

•Gardner症候群，包括結腸外表型方面；

•與髓母細胞瘤相關的Turcot症候群（與Lynch症候群的變異Turcot症候群相反，且與膠質母細胞瘤相關）；

•衰減型FAP（AFAP），由於其表型與Lynch症候群的表型重疊，因此可能造成相當大的診斷問題，因為與傳統的FAP（主要與遠端的腺瘤相關）相比，結腸腺瘤更少，更平坦且更接近近端腺瘤 。 診斷很大程度上取決於有無APC生殖系突變的存在。

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