1. HER-2/neu多胜肽疫苗

HER-2/neu是185kDa的蛋白質接受體，與表皮生長因子受體(EGFR)同源，25%的乳癌屬於HER2陽性。

如今HER-2/neu多胜肽疫苗以E75、GP2、AE37這三種疫苗的研究較多，並且已經在乳癌2期臨床試驗中顯示其有效性。E75是一種人類白血球抗原(HLA) A2/A3限制的HER-2/neu多胜肽。E75多胜肽疫苗可以有效地刺激E75特異性的細胞毒殺性T細胞的擴增，而間接達到抗癌治療的目的。NeuVax疫苗是一種含有衍生自HER-2的E75多胜肽，研究表明其毒性低，5年疾病控制率達89.7%，而對照組則有80.2%，並且接受最適當之生物學劑量的患者其臨床獲益最大。

另外來自於HER-2/neu橫跨膜部分的GP2多胜肽相較於E75多胜肽疫苗而言，其免疫抗原性更強，而且能刺激機體產生更強的HER-2/neu特異性的免疫反應，再者局部及全身的免疫不良反應更輕。已經有研究顯示，GP2疫苗能夠刺激CD8+淋巴細胞來裂解HER-2/neu過度表達的乳癌細胞，從而可能使得其在HER-2/neu陽性乳癌中取得效果。

AE37是一種由15個氨基酸組成的多胜肽抗原，通過與特殊生物技術，可以增強CD4+淋巴細胞活性，並且能夠與HER-2的主要組織相容性複合體-Ⅱ（MHC-Ⅱ）結合，最終可以產生持久的HER-2特異性的免疫反應，目前發現AE37疫苗可提高基底型三陰性乳癌(basal-like TNBC）組織內CD8+淋巴細胞的數量，而其他亞型的乳癌並沒有，似乎在相對治療資源較少的基底型三陰性乳癌，可能會有所貢獻。

2. MUC1多胜肽疫苗

MUC1是一種表達於乳腺、胰腺導管上皮細胞、肺和胃腸道的一種膜相關糖蛋白，同時在黏膜保護、信號傳導和免疫系統調節中有重要的作用。超過70%的上皮細胞癌症有表達MUC1，使得該抗原成為了疫苗治療的潛在作用點。例如，MUC1的人類源化特異性抗體可以引起細胞毒殺型T細胞浸潤於乳癌細胞中，活化免疫，逆轉免疫耐受情況，並且發揮免疫治療的作用。一項隨機性雙盲臨床研究，乳癌患者皮下注射MUC1多胜肽疫苗，並追蹤12~15年，發現接受免疫療法組復發率為12.5％，而在安慰劑組其復發率為60％。並且注射MUC1多胜肽疫苗未出現毒性和自體免疫反應。