但復發高風險的第二期大腸癌患者的復發率爲 40%-50%，與建議需要術後輔助治療的第3期大腸癌患者的復發率相似。因此，參酌第3期大腸癌的間接證據，過去會建議針對特定的具有較高復發風險的第二期大腸癌患者接受以含有氟尿嘧啶(5-Fu)化療藥物爲基礎的術後輔助性化療，條件包括少于13個手術取樣淋巴結、T4 腫瘤分期、確診時合併有臨床腸阻塞、腫瘤部位結腸穿孔、癌細胞組織學分級差和具有淋巴血管侵犯 (LVI)。

大約有20%的第二期大腸癌患者，無論是否存在高風險特徵，都會接受手術切除的輔助性化療。許多復發風險相對較低的患者，可能因輔助性化療而面臨到治療後的副作用和生活上的不便，最重要的是，如此作法並無法讓患者從治療中獲益。

2022年美國臨床腫瘤醫學演釋了術後輔助性化療對復發風險水平不同的第二期大腸癌患者中各亞組影響的最新證據。以下是他們的推薦:

不應該所有的第二期大腸癌患者建議手術後一定要輔助性化療。也就是第二期大腸癌，只有特定的族群，手術後一定要輔助性化療。

復發風險低的患者不應建議手術後一定要輔助性化療，包括第2A 期 (T3，腫瘤侵犯漿膜層)，手術標本取樣≥12個淋巴結，腫瘤未侵犯周圍神經或淋巴血管，和腫瘤芽孢。低于3級的，尚無明確證據表明年齡會影響本條建議。確切地說，尚無證據証實年輕的低風險的第二期大腸癌患者，由于年齡較輕的因素就應該手術後一定要輔助性化療。

第2B 期和第2C 期的患者（即大腸癌分期維 T4，也就是腫瘤分別穿透內臟腹膜或侵襲周圍器官的病變），建議手術後一定要輔助性化療，但需要就輔助性化療相關的潛在益處和危害身體的風險與患者進行討論。

具有高復發風險特徵的第2A期（即 T3）的大腸癌患者患者建議手術後要輔助性化療，這當中包括了以下特徵:手術標本中淋巴結的取樣≤12 個、腫瘤侵犯周圍神經或淋巴血管、腫瘤分級差或未分化、腸阻塞、腫瘤穿孔和/或 3 級的腫瘤芽孢。前述的高風險因素的總數目應該視爲臨床决策中需要考慮的一部分。存在≥1種的高風險因素，就可能會增加復發可能性；在國際輔助化療持續時間評估(IDEA)協作數據的探索性分析發現，存在≥2個危險因素的第二期大腸癌患者患者的 5 年無病生存率爲 74.8%，具有1個危險因素的患者則爲 87.3%。另外，循環腫瘤 DNA (ctDNA)是一個最近崛起的潛在性預測因子，然而，目前仍然尚無充足證據証實其對術後是否需要輔助性化療具有預測的價值，因此無法將其納入作為推薦術後輔助性化療的高風險特徵的選項中。而施行首波輔助性化療的時機仍然存在有爭議；在研究oxaliplatin的 MOSAIC 臨床試驗中，患者需在手術後 7 周內開始含oxaliplatin的輔助性化療。在研究輔助性化療的 QUASAR 試驗中，氟尿嘧啶類和亞葉酸則盡可能在手術後 6 周內開始輔助性化療的治療。