原發位置不明癌患者的其他病理診斷試驗

基於基因表達的原發癌組織檢測/分子腫瘤分析

基於基因表達的起源組織測試，也稱為腫瘤分子分析（molecular tumor profiling，MTP）測試，自2010年以來已經可用於商業用途。這些測定是基於轉移性腫瘤保留其原發位置的基因表達譜的設計而設計的。 即使他們失去了預測性IHC標記物。

目前有三種對於癌原發位置組織基因表達的測試與MTP測試。原始組織癌原發位置組織（Cancer Genetics）是一種屬於RNA表達的測試，​​CancerTYPE ID（Biotheranostics）是92基因逆轉錄聚合酶鏈反應（RT-PCR）的檢測，而Cancer Origin（Rosetta Genomics）是64-microRNA基因表達水平檢測。當對已知原發來源的組織進行這些測試時，準確度則有85％至89％。

儘管每項檢測都與IHC測試進行了單獨比較，但這三項測試尚未在正式研究中直接進行比較。一些研究已經評估了這些檢測在低分化腫瘤或CUP中的準確性，準確度大約在79％至89％之間。另外有研究證明，當標準IHC無法發現時，腫瘤分子檢測可以提供診斷。在Hainsworth和Greco的一項研究中，從2000年到2012年看到的751名患者中有30名（4％）的腫瘤分化不良，沒有通過IHC染色確診的明確血統（中位數18個染色，範圍9到46）。在檔案組織上進行CancerTYPE ID，並在83％的患者中提供譜系診斷。這些譜系診斷包括兩名患有生殖細胞腫瘤的患者，兩名患有神經內分泌腫瘤，一名患有淋巴瘤。然後這些患者繼續接受屬於特定原發部位的治療，結果良好。

雖然大多數評估分子腫瘤分析測試的研究已經評估了準確性並與IHC測試進行了比較，但是在第二期試驗中評估了CancerTYPE ID以確定該檢測的臨床益處。在2008年10月至2011年12月期間進行的這項試驗中，招募了289名患者，並通過CancerTYPE ID檢測將活體組織檢查組織送去分析。報告了具有檢測結果的患者然後基於結果，用特定原發癌之特異性療法進行治療。該試驗的中位整體存活時間為12.5個月。這與歷史對照中9個月的中位整體存活時間相比是有利的。當腫瘤類型越來越不敏感時，癌症類型反應快速的患者（大腸直腸癌，非小細胞肺癌，尿路上皮，乳腺，卵巢，腎臟，前列腺，生殖細胞，淋巴瘤，小細胞肺與神經內分泌癌症）的中位整體存活時間為13.4個月，而癌症類型反應應較慢的患者的中位整體存活時間為7.6個月（膽道，胰臟，胃食管，肝臟，肉瘤，子宮頸，類癌，子宮內膜，間皮瘤，黑色素瘤，皮膚，甲狀腺，頭頸部和腎上腺癌症）。儘管這項試驗令人鼓舞，但缺乏隨機化和與歷史對照的比較限制了對報告結果的解釋。

摘要

基於腫瘤分子分析(MTP) /原始組織癌原發位置組織的基因表達檢測試可以預測大多數CUP患者的原發組織。 與IHC相比，腫瘤分子分析顯示出類似的準確性，並且當IHC無法提供診斷時，可以提供額外的信息。 此外，腫瘤分子分析可以從診斷角度（例如添加表皮生長因子受體[EGFR]的靶點測序，間變性淋巴瘤激酶[ALK]，NSCLC中的ROS1）和治療觀點（關於特定部位進行進一步研究。 針對特定原發癌位置的療法）。

使用次世代基因測序(NGS)

儘管CUP患者的處置，過去依賴於識別可能的原發癌症的組織學，但分子和基因組檢測分析的進步，使得可以使用潛在標靶治療的更個性化治療方法。次世代基因測序（NGS）現在是許多不同癌症類型患者的標準處置的一部分，其中臨床可行的基因突變被鑑定爾後給予標靶;然而，最近發表的一些研究已經提供了一些關於基因組分析在原發位置不明癌症之晚期癌症患者中的實用性的見解。

2014年1月至2016年6月在Memorial Sloan Kettering癌症中心對大量原發位置不明癌症患者進行評估，包括人口統計學和臨床信息，以及次世代基因測序的病理學和分子/基因組分析，評估之333名原發位置不明癌症患者中，150名患者（ 45％）使用MSK-IMPACT進行次世代基因測序，這是一種基於深度覆蓋雜交捕獲的分析，包括34個（後來擴展到410個）癌症相關基因。最常見的組織學型態是腺癌，其次是沒有特別說明的癌和鱗狀細胞癌。共有137名患者（91％）被發現至少有1次改變，其已知或可能的致癌功能，平均有3.1次致癌改變。在45名患者（34％）的腫瘤中發現潛在的臨床上可行的突變，總共54種可能有效的突變。在這些患者中，只有15名患者接受了標靶治療，治療時間為1至14個月。雖然歷史數據顯示其整體存活時間為3至8個月，但該分析中的患者發現整體存活時間有13個月。目前尚不清楚該世代中延長的整體存活時間，是否反映了改善使用標靶藥物治療方法，因為只有少數具有可操作改變的患者接受了標靶治療，或者改善的整體存活時間是否更能反映癌症診斷檢測與相關治療作為一個整體（支持性護理，手術技術，全身治療中的劑量調整以最小化毒性等）的改善。有幾個因素導致接受標靶治療的患者比例較低，包括可用的有限研究療法，不良的體能狀態（PS）和/或快速的臨床狀況衰退。隨著獲得有關原發位置不明癌症患者關鍵基因分子改變的存在以及標靶治療機會增加，可能能夠更好地定義適合這些新型治療方法的突變特徵，並因而改善治療結果。

Subbiah等人。還對原發位置不明癌且是復發/難治性癌症患者進行了次世代基因探索性測序分析。共鑑定了17例晚期原發位置不明癌患者，並將檔案組織用於分子譜分析。主要的組織學是癌（低分化或未分化），其次是腺癌和鱗狀細胞癌。在參與研究之前，患者經過大量預先處理，中位數為3次之前的全身治療。總共15名患者（88％）具有一個或多個分子基因突變，其中位數為兩個突變，範圍為0到8個突變。最常見的基因突變導致細胞週期停滯受損，其次是表觀遺傳調控和DNA甲基化受損，最後是腫瘤抑制基因的改變。共有11名患者（65％）參加了第一期臨床試驗，其中7名患者（41％）根據其突變特徵與治療相匹配。在基於其基因組譜的治療的7名患者中，3名患者俱有至少4個月的穩定疾病，並且其他患者出現疾病惡化。雖然這是一項小型研究，但它突顯出對原發位置不明晚期癌的獨特基因組譜，以及次世代基因探索性測序分析找出可能適合標靶治療的致癌驅動因子的作用。

密西根大學腫瘤學的基因測序計劃（Mi-OncoSeq）也報導了NGS測試對原發位置不明癌患者的臨床影響。作為Mi-OncoSeq研究的一部分，患有難治性實體瘤惡性腫瘤的患者進行了轉移性病變的新鮮活體切片，進行全面的NGS分析，包括腫瘤和正常的全外顯子組，全基因組和轉錄組基因分析。因為獲得匹配的正常樣品，還鑑定並報告了賦予增加的癌症風險的致病性種系變體（PGV）。 2012年至2016年，32名原發位置不明晚期癌患者參加了Mi-OncoSeq研究。其中，28名患者（87.5％）至少發現了一種臨床可操作的分子基因的改變。臨床上可操作的改變被定義為確認腫瘤原發組織的分子特徵，並鑑定了PGV或改變，其為臨床試驗中的登記提供了理論依據。每名患者的臨床可操作改變的平均數量為1.8，範圍為0至5.在具有臨床可操作分子發現的患者中，43％由於測序結果而改變了隨後的治療。與整個Mi-OncoSeq世代相比，原發位置不明晚期癌患者通過NGS結果獲得後續處置的患者百分比顯著更高，其中19％的患者發生了處置上的變化。在參加Mi-OncoSeq的13名原發位置不明晚期癌患者（41％）中，可以通過NGS確定腫瘤原發組織。有趣的是，5名個體（16％）確定了PGV。發現兩名患者在BRCA1中攜帶PGV，1名患有BRV2的PGV，另一名患有PGV的MUTYH，以及1名患有MSV2的PGV患者。這些患者中的一些沒有通常與這些癌症易感綜合症後群相關的惡性腫瘤。例如，1名患有BRCA1 PGV（並且腫瘤中同時存在BRCA1的體細胞丟失）的患者被確定患有轉移性子宮頸癌。最後，Mi-OncoSeq研究報告說，2名原發位置不明癌患者的後續處置是由NGS結果改變，而對治療有特殊反應。第一個是由NGS確定原發位置不明晚期癌患有轉移性膽管癌的患者。 NGS揭示了FGFR2-CCDC6基因融合，患者在第一期臨床試驗中對FGFR抑制劑治療有顯著反應，保持治療時間超過1年。另一名被發現攜帶MSV2 PGV的患者接受了pembrolizumab治療，對治療持續超過1年。

基於NGS的匹配治療試驗可用於原發位置不明癌或復發者，並且隨訪時間較長的癌症患者，也可以提供一些見解，了解何時在治療過程中使用NGS，以及NGS是否能夠為原發位置不明癌患者提供生存益處。

摘要

使用NGS進行分子/基因組檢測分析可以對原發位置不明癌CUP腫瘤進行複雜而深入的分析，包括可能區別適合標靶治療的驅動突變。儘管繼續獲得越來越多的資訊關於原發位置不明癌之腫瘤中的關鍵分子和基因改變，但我們認識到少數患者此時具有可操作的改變，並且有一些患者因而接受特定的標靶治療。可能會有越來越多的目標和更多的治療可供選擇，而對應之標靶治療的使用可以提供疾病的穩定性或腫瘤縮小以及存活益處，特別是當鑑定出額外的抗藥性機制並且可以獲得適當治療時。原發位置不明癌用NGS檢測及尋找適當治療範例中得到充分認識之前，必須在原發位置不明癌和更多標靶治療臨床試驗中大範圍地使用NGS。在此期間，應該在難治性原發位置不明癌患者中強烈考慮NGS的介入。